Насколько я понял речь идет о том что после подачи заявления на ПМЖ в Германию туда не дают визу? У меня может и не такая ситуация но я находясь в состоянии подачи ездил в туристическую поездку по Европе (в т.ч. в Германию) и заявление на въезд в Шенгенскую зону, насколько я помню, писал именно в Германию ...