Как я писала выше, раз квартира была в собственности менее трех лет, Вы обязаны предоставить декларацию. За сколько Вы покупали-продавали квартиру (до 1 млн. руб.)? Если сумма слишком нереальная могут быть вопросы. Но в любом случае, Вы можете уменьшить налогооблагаемую базу на сумму произведенных документально подтвержденных расходов на приобретение имущества (то есть, если за что купили, за то и продали, то сумма налога к уплате равна нулю, но декларацию подавать всё равно нужно). Но это только в том случае, если Вы подадите декларацию как резидент.
Сейчас подать декларацию Вы имеете право, но обычно декларации подаются по истечении налогового периода (то есть года). Повторюсь, если Вы не укажете в декларации о своём нерезиденстве, налоговая о нём по идее не узнает (но я не могу Вам этого советовать, по понятным причинам).
А вообще, что касается нерезидентства, я думаю, Вы могли бы отстаивать свои интересы в суде, настаивая на п. 2 ст. 207 "Налоговыми резидентами признаются физические лица, фактически находящиеся в Российской Федерации не менее 183 календарных дней в течение 12 следующих подряд месяцев" (то есть, делать упор на "12 следующих подряд месяцев", там не указано о 183 днях за календарный год, о чём здесь говорилось выше, только надеюсь, по датам с ноября 2014 по май 2015 Вы не превысили 182 дня). Письма и разъяснения ФНС не превалируют над Налоговым кодексом, поэтому шансы на успех есть.