обратите внимание, что они требуют amtlich beglaubigte Kopien, а не Apostille. Это разные понятия, так же как и нотариальное заверение и апостиль в России.
насколько я поняла, копии, которые подшили к переводу, были просто с нотариальной печатью. этого недостаточно.
"amtlich beglaubigt" означает, что на документе есть
1) фраза на немецком или английском: Hiermit wird amtlich beglaubigt, dass die (vorstehende) Kopie mit dem Original übereinstimmt. Если надпись находится на обратной (чистой) стороне листа, то будет umseitige Kopie. На английском чтото вроде "This is a copy certified conform to the original"
Город, дата.
2) Под этим предложением подпись того, кто заверяет. В любой стране право заверения имеет нотариус. Кроме того, заверять может организация, которая выдала документ. Или консульство.
3) круглая печать, на которой обычно стоит название организации и в центре есть эмблема. По-немецки это Dienstsiegel.
Только все это вместе на каждом листе или на всех одновременно означает amtlich beglaubigt или truly certified.
Или же, если подаете документы в университет лично, то можно при подаче документов показать им оригиналы. И принимающий документы человек для внутренних целей напишет на копии, что она соответствут оригиналу или что оригинал был предьявлен. Просто и бесплатно, но действует только для этого определенного университета.
Теперь по переводу. На переводе должна стоять круглая печать, равноценная нотариальной, она есть не у всех переводчиков. Или же нотариус заверяет потом перевод.
По умолчанию переводится оригинал документа. Если переводится с копии, то в переводе обязательно есть об этом упоминание. Нотариально заверенная копия со всеми вышеперечисленными аттрибутами равнозначна оригиналу. Таким образом, Вы отправили им заверенный перевод с оригинала с не(правильно) заверенными копиями, которые, теоретически, Вы могли изменить, а они бы это не поняли, т.к. перевод был с оргинала. Кроме того, на переводе обычно пишут, что предьявляется он только вместе с оригиналом. т.е. нет смысла подавать куда-нибудь только перевод, без заверенных копий.

может, просто повезло, а может, они ждут, что при регистрации (Immatrikulation) Вы покажете оригинальные документы.

да, или можно еще в суд, или к нотариусу. или просить свой университет прислать заверенные документы, но иногда бывает сложно обяснить что от них требуется. или лично прийти в желаемый университет и показать оригиналы.
или, если повезет, попросить заверить в другом университете, там где Вы живете. иногда они соглашаются, хотя в принципе не должны заверять документы для подачи в какой-то другой вуз. зато сделают это бесплатно. правила все те же - фраза о соответствии, подпись и круглая печать.