Возможно ли после специалитета в России (инженерия) учится в Германии в магистратуре на экономике или математике?
Какие трудности можно встретить при этом?

можно, но таких вариантов очень мало. HU Berlin (MEMS Program), TU Berlin, некоторые FH. Вообще для этих целей существует МБА. Есть недорогие варианты, типа FH Reutlingen

Nапример в Уни Мюнстер химики и химики-бакалавры могут пойти на магистратуру экономики, после чего они
MSc. in business chemistry (Wirtschaftschemiker).