Подскажите, куда надо обращаться студентам, если, например, проведение экзамена проходит в несоответствии с Prüfungsordnung?

Этим занимается Studiendekan.

В зависимости от того, насколько сильно поругались с экзаменатором:
1 ступень - разрулить с экзаменатором
2 ступень - Prüfungsamt
3 ступень - через студенческую организацию (АСТА, студенческий парламент или как он там называется)
Внимательно прочитайте свой Prüfungsordnung, чтобы быть во всеоружии. Вдруг окажется, что экзаменатор был прав.

а что именно случилось? Так спрашиваю на всякй случай, вдруг пригодится. А так как уже написали, я сходила бы в прюфунгсамт.

Хочу сначала проконсультироваться, возможно я неправильно поняла.
и так цитирую из Prüfungsordnung:

30 мин я рассказывала о своей работе, потом засекалось время и еще 30 мин задавались вопросы, некоторые не относились ни к работе, ни к учебе в целом, то есть все проходило как самый обычный экзамен. Это так и должно было быть? просто, согласно Prüfungsordnung, я себе это по-другому представляла.

Я поняла так, что сама презентация длится максимум 30 минут, а потом дискуссия.

Все правильно. 30 мин. длится презентация. А потом дополнительное время на вопросы и дискуссию.
Даже если Вы считаете, что препод задавал вопросы не по теме тезиса, опротестовать будет сложно.
Какую оценку хоть получили?