Не очень сильно, но отличаются: в фамилии есть буква "ч", которую они написали на немецкий манер "tsch", а не "ch"

наверняка Вы сами писали заявление о таком написании. это можно сделать и в настоящее время:

6. Заявление об изменении написания в паспорте (сроком действия 5 лет, биометрическом паспорте), оформляемом гражданину, в отношении которого подано заявление, его фамилии и (или) имени буквами латинского алфавита

так что вряд ли это могло послужить поводом.

Когда я принимал немецкое гражданство в мой первый (временный) паспорт внесли имя как они стояли в российских документах: с буквой "ch" в фамилии и отчеством, как вторым именем - примерно как "Ivan Fedorovich". Поэтому я менял имя и отказывался от отчества

и Вы думаете что копия этого паспорта сохранилась в консульстве?

Да, как-то так. С ссылкой на Федеральный закон от 13 июня 2023 г. № 212-ФЗ : имя в Германии меняли, загран недействительный, прошло более 6 месяцев - нужна проврка гражданства
При достаточно новом российском загране...

предполагаю, что Вы сами им сказали об отказе от отчества и затем по их просьбе принесли эту справку, невзирая на то, что у них на достаточно видном месте указано:

11 декабря 2023 г. вступил в силу Федеральный закон от 13 июня 2023 г. № 212-ФЗ «О внесении изменений в Федеральный закон «О порядке выезда из Российской Федерации и въезда в Российскую Федерацию». Согласно данному Закону загранпаспорт становится недействительным по истечении шести месяцев с момента изменения владельцем паспорта в установленном порядке фамилии, имени, отчества, сведений о дате и месте рождения, пола.

В этой связи гражданам, [...] на основании документов, подтверждающих факт наступления вышеупомянутых обстоятельств ранее обозначенного шестимесячного срока, необходимо до подачи заявления [...] обратиться по вопросу проверки наличия российского гражданства в связи с недействительностью имеющегося загранпаспорта.