На прошлой неделе был в консульстве, сдавал документы на выход - не приняли из-за несоответствия имени в немецком паспорте и русском загране.

Я отказался от отчества 15 лет назад, при принятии немецкого гражданства.
Каждые пять лет менял российский загран, указывал наличие немецкого гражданства и показывал свой немецкий паспорт (где отчество нет)
В российский загран вписывали русские ФИО и немецкие фамилию/имя.

Вы уверены, что "немецкие"? как сильно они отличаются от транслитерированных "русских"?

При выходе из гражданства требуют российский загран, немецкий паспорт (как подтверждение немецкого гражданства) и справку об отказе от отчества.

И тут работник консульства объясняет, что закон от 13.12.2023 имеет обратную силу и мой загран - недействителен (хотя я по нему проходил границы несколько раз)

Поменять загран можно только после проверки гражданства (длится около 6 месяцев).

как консульский работник мог догадаться об отсутствии у Вас отчества, если оно в немецкий паспорт до недавнего времени не ставилось, даже если оно имеется?

я правильно понимаю, что на проверку гражданства Вас послали после предъявления справки об отказе от отчества?