Я вот подумал, а нужно ли мне в моей ситуации получать внутренний паспорт РФ?

В вашей ситуации главное выписаться. Если это у вас получится без оформления внутреннего паспорта - отлично. С этого момента обязанность иметь паспорт отпадает. Но не факт, что без паспорта сможете выписаться.

Извлечение из Положения о паспорте гражданина РФ

1. Паспорт гражданина РФ является основным документом, удостоверяющим личность гражданина РФ на территории РФ.#Паспорт обязаны иметь все граждане РФ, достигшие 14-летнего возраста и проживающие на территории Российской Федерации.

Т.е. его обязаны иметь те, кто постоянно проживает на территории РФ! Я постоянно проживаю тут. Значит я не обязан его иметь?

Нет, с точки зрения миграционной службы вы проживаете на территории РФ т.к. у вас в России есть зарегистрированное место жительства. В Германии вы находитесь временно.

2. Срок действия паспорта гражданина: от 14 лет - до достижения 20-летнего возраста.

Т.е., если я все же смогу его получить и не загреметь в армию, то через два года он будет недействителен..

Да, придется снова менять. Но иметь внутренний паспорт достаточно полезно - его везде "принимают" как удостоверение личности и не надо с собой таскать загранпаспорт. Представляете, что будет, если вы потеряете в России загран?

А если меня заберут в армию, то конечно, я отслужу как надо и вернусь, но вопрос куда?

Ведь отсутствуя в Германии более 6 мес. я теряю ПМЖ и меня отчисляют из учебного заведения...

Насколько я помню, длительное отстутствие в Германии в связи с прохождением обязательной воинской службы не является поводом для аннулирования ПМЖ. Хотя точно не уверен и врать не хочу - поищите сами информацию в инете. Но серьезно... вы же не собираетесь в армию?