У моего брата ситуация похожа с вашей, они женаты в россии,он имеет 2 гр-ва его жена только росс. 1 реб рождён в россии, 2ой в германии. и вот у второго ребёнка до сих пор нет росс. гр-ва уже 9 лет. Брат сделал типичную ошибку(точнее его вынудили это сделать соответсвующии органы)при переселении нас на фатерланд, т.е он изменил фамилию жены с условно с Plevtsova на Plewzow у него аусвайс на Plewzow, росс загран паспорт на Plevtsov. Соответственно при рождении 2го реб-ка произошёл сбой в мозгах росс. консулов в несоответствии этих фамилий и приобретении этим ребёнком росс. гр-ва.
Я тоже женился в России, но при воссоединении нашей семьи я котегорически регистрировал свою жену только по её документу т.е росс. загран. паспорту.Никаких изменений фамилий мы не делали, да никто этого и не требовал. Теперь мы имеем 2их детей и оба получили росс. гражданство.
А брат решил ехать в Россию и полностью переделывать фамилию жены.