в каком возрасте надо сообщать военкомату о выезде, если родился в Германии?

каким-то образом он, однако, оказался прописанным в РФ...

не знаю) но откуда то они узнали о Вашем сыне, который родился в Германии.

Дистанционно=письмом с заверенным в консульстве заявлением.

Подтверждение естесственно получил, с ним и пошел отказываться от гражданства.

каким-то образом он, однако, оказался прописанным в РФ...

Потому что прописали......

так по прописке и узнали. А потом по натоптанной тропе ходили еще два года. ФМС военкомату видимо данные не обновляет.

Конечно не обновляет. Иначе бы при выезде на ПМЖ в другие страны не нужно было бы отдельно сниматься с учета в военкомате: достаточно было бы выписаться и всё. По спискам прописки попадаешь в списки военкомата, а оттуда уже только в ручном режиме, личным обращением, можно удалиться. Никто там не сверяет имеющиеся списки со списками убывших.

Также, как в Германии управления образования не сверяются со списками выписавшихся, если ранее записанный на основании прописки ребенок у них отмечен на поступление в школу.

Везде проблемы цифровизации...