Могут ли быть проблемы при въезде в Россию, если в визе указан один город , а фактически въезд осуществляется в другой город России?

Какой тип визы (туризм, бизнес, частная, еще какая-то)?

В каком месте и как именно дословно "указан город"?

Нет.

туризм

Не знаю, виза еще не готова. Но при подаче документов спрашивали в какой город едите

Хмммм... В туристической визе указан только тот город, где находится принимающая турфирма. Но это вовсе не значит, что с этой визой надо ехать именно в этот город, маршрут следования может быть совсем другой.

Из личного опыта: с вот такими туристическими визами всегда летала напрямую в Петербург, хотя турфирма в Москве. Никто в Пулково ни разу слова не сказал.

Та же история, только вернулась из Питера, в визе тоже Москва значилась )). Всё без проблем, и на границе, и с регистрацией.