Добрай день!
На сайте консульства стоит: В представляемых документах не должно быть разночтений при написании фамилий, имен и отчеств. В случае изменения заявителем своей фамилии, имени или отчества (в том числе по браку) представляются документы, свидетельствующие о перемене фамилии, имени или отчества (свидетельство о браке, свидетельство о перемене имени, свидетельство о расторжении брака, архивная справка о заключении брака), оформленные в соответствии с законодательством Российской Федерации об актах гражданского состояния. На каждое изменение фамилии, имени или отчества представляется отдельный документ.
Имеет ли этот пункт ко мне отношение, если в свидетельстве о браке стоит фамилия Janßen, в паспорте Yanssen с пометкой на последней страничке, что правильное написание фамилии Janssen?
Или следует менять загран паспорт до подачи документов на выход из гражданства РФ?
Заранее благодарю!

Кем проставлена эта пометка? Консульством?

нет, отметка поставлена органом, выдавшим мне загран паспорт в России в день получения паспорта, когда я увидела, КАК они транскрибировали мою фамилию.. )

Т.е. отметка проставлена ФМС РФ?!
Проблем быть не должно.
Проблема транслетации должна была волновать Вас, а не ФМС/МИД - тем более что у них ест возможность писать фамилию в нужной транслетации, если об этом от Вас поступило письменное заявление. А Вы такового не писали.
Надеюсь, что консульство примет от Вас документы, так как отметка проставлена РФ, а не ФРГ.

спасибо, Вы меня немного успокоили.
про транслитерацию - я думала, что сделают правильно, как пишут фамилию скарлетт ЙОХАНССОН (Johansson)

Компьютер ничего не думает - без Вашего заявления пишет как в него заложено, ему всё равно, что и как для Вас правильно.

Правильно Ваше имя, фамилия и отчество, как гражданина России, написано на государственном языке Российской Федерации.

мне главное, чтобы меня из консульства не отфутболили с моим штампиком )) все остальное - мелочи