Ваши подозрения не беспочвены. Старайтесь задавая вопросы давать более полную информацию.
Отпадёт надобность во многих дополнительных вопросах

Въезжает ребенок в Россию по российскому загран.паспорту, а выезжает по немецкому? Или оба надо показывать?

также как и взрослым:
российским пограничникам показывают российский загранпаспорт
немецким - немецкий райзепас или аусвайс

Ребенок въезжает в Россию по российскому загран.паспорту, а выезжает тоже по российскому.
Ребенок въезжает в Германию по по немецкому загран.паспорту, а выезжает тоже по по немецкому.
Иногданадо показывать оба. Представители аваакомпании могут и даже должны спросить.

как это ребёнок с рождеиия может получить свой загран паспорт?

совершенно верно

Нет, конечно он не сам получает. Все документы на паспорт оформляет родитель. Но паспорт действительно отдельный, точно такой же как у взрослого.
А как по Вашему ребенку путешествать до 14 лет без родителей?

Туда подавать надо оба паспортам,а обратно только киндераусвайс

не совсем так
Ребенок въезжает в Россию по российскому загран.паспорту, а выезжает тоже по российскому.
Ребенок въезжает в Германию по киндераусвайсу, а выезжает тоже по киндераусвайсу.

Где, кому и что "подавать" абсолютно правильно написал чуть выше andrei1960.
Так же об это можно прочитать в первом сообщении этого форума.

Вообще-то, консульство должно уже ВАМ доплачивать (за разъяснения)

Я даже не знаю, как вам это объяснить,
вам вот тут http://foren.germany.ru/showmessage.pl?Number=12793404&Board=consul процитировали официальный источник - сайт консульства.
Если вы и ему не верите, я не знаю, как помочь

http://www.russisches-konsulat.de/pmg.htm#_2.
На сайте консульства в Берлине такой информации нет, отсюда, видимо, и вопросы.