Я не состою на учете в Консульстве (есть разрешение на пребывание на 3 года), но собираюсь в Россию.
Не возникут ли сложности при въезде/выезде?
Возможно необходимо встать на учет и потом уже выехать?

Не возникнет. Подробнее в первом сообщение этого форума.

"наличие в паспорте гражданина Кыргызской Республики соответствующей отметки о консульском учете является основным условием беспрепятственного совершения поездок в Кыргызскую Республику и в другие страны СНГ, с которыми Кыргызская Республика имеет безвизовый режим взаимных поездок граждан (Россия, Украина, Беларусь, Казахстан и др.)."
наверное, все-таки придется

Спасибо за информацию. Да.., поспешила с ответом. В следующий раз буду ждать ясновидца.