Все нужные файлы хранятся в директориях по умолчанию или указанных тобой. Допустим ты устанавливаешь игру. Образ распаковывается в папку Temp - Временные файлы и отсюда устанавливается в папку Program Files или другую, тобой указанную. В папку Windows заносятся все ключи, нужные для старта и работы программы. После того как программа установлена из папки Temp можно удалять всё. Остаются две папки, где ничего удалять нельзя ни каком случае. Это Program Files - программы можно только деинсталлировать с помощью деинсталлятора Виндовс (Software) или другой сторонней программой. напр. Regorganizer или Your Uninstaller (последняя автоматически зачистит реестр)
Вторая Windows, сюда лучше и на заглядывать. Если нужно почитстить реестр, то для этого есть программы, которые сделают это более-менее умно. По крайней мере они сделают бекап и при сбоях системы, останется возможность восстановления.
Если есть немного опыта, то можно зачистить реестр и вручную через Regedit сделав его копию, но это очень кропотливо и нудно, к тому же есть опасность, что при следуещем старте система вообще не запустится. У меня такое было, когда я чистил реестр после Nero8 (хотел вернуться на шестую, хвосты деинсталляции этого не давали), у него наверно ключей около тысячи, я решил на всякий случай удалить все. Неро установился, но потом после перезапуска компьютера, виндовс не запустился даже в безопасном режиме.
Не знаю какой толк, в том что я сделал копию реестра, ведь если виндовс не стартует, то и реестр не восстановить.
Пришлось откатываться назад с CD.
Так что удаляй всё смело, кроме этих двух папок.