Что означает явно разрешить?

Не знаю деталей, как именно это реализовано. Иногда при посещении web-сайтов возникает всплывающий запрос, разрешить ли запрашиваемому сайту доступ к геолокации.
Т.е. телефон вас спрашивает, можно ли отослать эти данные, если они есть.
Напр. для Chrome: https://support.google.com/chrome/answer/142065?co=GENIE.P...

идентификация места, где был сканирован GR-Code: это координаты или с точностью до данного населенного пункта?

Если по IP - с точностью до города. Иногда информация об организации, чей IP, может уточнить место. Попробовал на телефоне - ошибается на пару километров.

Если это сделано аргументом при обращении к сайту, например что-то вида https://badsite.net?id=1235 те, кто рисовали код могут знать, что код с ID=1235 нанесен на стене дома №5 на Цветочной улице.
Если разрешен доступ к геолокации - координаты.

Не понял. что я могу увидеть глазами?

Ну если там ссылка с аргументами, как приведена выше - можно думать, что означают эти аргументы. Скорее всего именно так реализованы пояснения к экспонатам в музеях, которые сканируются по коду. Там, где нужно точно знать, с какого именно предмета сосканирован код.

не разу не попался ни один, где был бы текст без какой-либо ссылки.
Может у вас есть пример такого QR-Code?