Внешний диск
Стандартный linux-овский software raid это точно поддерживает, сам использовал. Устройствами, из которых собирается массив могут быть целые диски, либо разделы.
Synology DSM основан на debian. Наверняка в смысле RAID они только приделали debian user-friendly морду со своим лого :)
IMHO "внутри себя" Synology должна это уметь. Не удивлюсь, если в GUI такую возможность убрали.
Как я понимаю сейчас модный путь - один RAID и поверх него LVM, позволющий создать отдельные файловые системы.
Но смысл вопроса "Как вот систему отделить от данных и чтобы райд-1 был на данных?" я не понял.
Если это по sinology - зачем на ней держать систему? Бэкап системы? Тогда отдельная fs не нужна...
Если про машину с двумя дисками - можно сделать RAID
для данных из двух разделов, а на оставшихся двух ставить систему. Хоть на одном из них, хоть объединить их в еще один RAID.
Но IMHO проще добавить третий диск :)