Реально задокументированные случаи были? Я за всю историю использования Windows такого не помню - самостоятельный апдейт без явного разрешения или подтверждения.
Разумеется, совершенно теоретически, это возможно, но где гарантия что этого не случится в дистрах линуха?

Очень теоретическая - это только абсолютные параноики будут делать, но - на полную проверку, к примеру, минимальной установки CentOS на уровне исходного кода (ядро + все приложения) и отсутствия в нём закладок уйдут годы для хорошей команды, в то время как обновления идут раз в неделю, и не всегда даже по диффам исходников можно уловить смысл изменений.
Да и проблемы не руководители делают, а совсем другие люди. Помню, на CentOS (или RedHat) был один апдейт на апач, который привел его в неработоспособное состояние - сеть была переполнена жалобами "у меня веб-сервер не работает".
Но даже если заплатку и обнаружат, всё равно хрен найдут виноватого (реально виноватого) - будь это open source или closed source.