А куда делась ваша старая OCR программа? Она же должна была остаться, хотя вы и поменяли сканер. И она должна продолжать работать.
Дело в том, что любая OCR программа взаимодействует не со сканером напрямую, а с т.н. TWAIN-модулем сканера, это нечто вроде драйвера сканера. Кроме того TWAIN-модуль имеет пользовательский интерфейс параметров сканирования - где вы задаете разрешение, цветность, насыщенность и т.п.
Поставив новый сканер вы, наверное, поставили его "драйвер" (TWAIN), после чего старая программа должна с ним успешно работать. Нужно только задать ей, какой из сканеров использовать. Скорее всего по умолчанию она останется настроена на старый более не существующий сканер. Нужно или найти эту настройку или деинсталлировать софт от старого сканера.
PS: На качество распознавания влияют настройки, в первую очередь разрешение и насыщенность. Может у вас там что-то стоит не так? Поставьте разрешение 300-400, насыщенность "на глаз".
PPS: Входящий в состав MS Office (до 2007 вкл.) Microsoft Document Imaging вполне прилично распознает текст, хоть и не ABBY.