Ну например (рассматривая старый FAT, полагаю нечто аналогичное имеет место и для FAT32/NTFS) - т.н. "потерянные кластеры", т.е. кластеры, которые значатся занятыми, однако не принадлежат ни одному файлу. chkdisk находит их и помечает как свободные. Т.е. стирает поле в заголовке и прописывает туда ноль. А в этом поле хранился номер следующего кластера в данном файле, что очень бы помогло программе восстановления.
Касательно ремапинга - та же фигня, допустим был "свободный сектор", у которого CRC не совпадает с данными (скажем вырубилось питание). Что именно сделает chkdisk я не знаю, однако можно гадать:
1. Не проверяя сектор переназначит на его место один из резервных. При этом данные сектора останутся, но уже не будут доступны средствами ОС.
2. Попробует записать/прочитать сектор, чтобы убедиться, что он деффектный, прежде чем переназначать на его место другой. При этом данные в секторе будут безжалосно стерты.
IMHO chkdisk - это вроде контрольного выстрела в голову при восстановлении данных :)
При восстановлении работоспособности FS с потерей данных - да, для сохранения данных - нет.