Подскажите, пожалуйста, как и куда сохранить фавориты перед перезагрузкой Windows, чтобы они не пропали.

есть программа URLAlbum она вам поможет сохранить все фавориты или в IE7 есть возможность экспортирования фаворитов в HTML файл

В Мозилле это делается нажав на Управление закладкками Export