Но все же, диски, показывающие более высокую линейную скорость, демонстрируют также и более высокое быстродействие в приложениях.
Это очень зависит от нескольких факторов - как от вида приложения, так и от файловой системы, буферизации (на уровне ОС) и кэша. Например, при работе с MS Word или Internet Explorer разница между супер-диском на супер-маме будет практически незаметна - по сравнению с обычным диском. На скорости работы дефрагментера, с другой стороны, это может сказаться (скорость доступа). При рекодинге DV в DivX, скорее всего, тоже не будет заметно разницы (обработка сожрет больше).
Но для внешних HDD, видеокамер и прочих приблуд с большими потоками данных лучше использовать FW.
Хоть это и оффтоп Для внешнего HDD достаточно USB2, даже если речь про захват видео - например, мой внешний самсунг (2.5", USB2):

И аналогичный внутренний (это ноутбук):

Разница, разумеется, есть, но несущественная для большинства приложений.
Так или иначе, брать супер-диск имеет смысл _только_ в двух случаях: 1) это необходимо (т.е. даст ощутимый выигрыш); 2) он стоит не больше (или ненамного больше), чем аналогичный "простой".
Для меня, например, самым важным фактором выбора является надежность, а не скорость - вс╦-таки, потерять 80 гиг (или больше) в миллионы раз неприятней, чем подождать лишний час...

А что такое супер-диск/мама? При покупке компьютера вы либо берете что-то уже готовое "бре(н)довое", и тогда там внутри может быть все, что угодно, либо собираете сами. В таком случае было бы логичным брать как можно более современную маму. А диски одного объема стоят обычно примерно одинаково. И если вы называете приведенный мной в пример Seagate 7200.9 "супер-диском", то вы не правы. Это обычный актуальный на сегодня HDD, стоящий примерно столько же, сколько и аналогичный WD или Maxtor. Они все сейчас такие быстрые.
Для переносного внешнего HDD - да, достаточно и USB. Тем более, что 2,5-дюймовки гораздо лучше приспособлены для транспортировки, но при этом страшно тормозные. А вот для стационарного внешнего File Storage все-таки лучше использовать массив из 3,5" дисков на FW.

А что такое супер-диск/мама?
Это такая комбинация, которая даёт максимальную производительность. Разумеется, речь не про 7200.9, а про случаи, когда народу советуют что-то навороченное (типа WD Raptor WD740GD, 74G и 10K RPM за 160 евро).
А диски одного объема стоят обычно примерно одинаково.
Нуууу... Если считать стоимость за гиг, то она может ощутимо отличаться. Хотя, обычно эта разница не выходит за 10-20% - в зависимости от производителя и ряда параметров (типа размера кэша; впрочем, кэш роли не играет практически). Конечно, для кого-то разница в 20 евро не деньги, но люди обычно пытаются экономить Я, например, переплачу и 50-100 евро, если буду уверен, что надежность ощутимо выше.