А зачем разбираться, как именно оно работает? Работает же и ладно.

Кажется папка либо задается в виде аргумента команды, например append mailbox ..., либо заранее выбирается командой select, а потом команды типа fetch работают в этой папке.
А copy, похоже, копироет из папки выбранной select-ом в заданную. Но это только мои догадки.

Плагины импорта сообщений/папок/эккаунтов безотносительны к протоколу. Они позволяют (я так думаю :) импортировать скажем папку с подпапками в заданный профайл Thunderbird,
а он уже синхронизирует содержимое профайла с сервером. Сам не пробовал, за базар не отвечаю :)

А зачем разбираться, как именно оно работает?

Сложный вопрос

Работает же и ладно.

Ну у вас работает, а у меня еще нет.