Я только догадываюсь, что это за программа, но т.к. она ни OS ни написала, ни процессор не определила - предположу, что ей сто лет в обед и возможно она глючит на современных машинах? Может взять другую программу для этих нужд?
при работе с реестром надо быть осторожнее. Случайное удаление лишней ветки реестра может привести к переустановки системы, поэтому нужно подумать вам. а реестр чистится с помощью штатной программой regedit .