Стал замечать как некоторые файлы стали пропадать с ЖД. При различных случаях, допустим перекидывал я файлы с диска ц на диск д, потом смотрю папок некоторых не хватает, многие приложения и игры перестали запускаться из за отсутствия файла. Может такое быть?

может, если память глючит например или вирус

то, что ты файлы перекидываешь ещё не значит, что автоматически обновляется и реестр.
если программа установлена на с и ты её папку переместишь на д, то она в большенстве случаев не будет запускаться.
тут поможеть только переустановка, с указанием нового местоположения

Обычным Windows Explorer?

Как конкретно "смотрю"? Были ли при копировании проблемы, сообщения о ошибках?

Каким образом запускаете, каким образом получена инфа о причине ошибки программы?