На основании чего она вызывается? Изучать визы и штампы в моем паспорте могут пограничники, а не на check-in. Да, я лечу в Мюнхен - вернусь вечером после встречи и поеду в гостниницу - вот бронь. Вопросы? Если я собираюсь пробыть в стране, в которой получена виза ощутимо больше чем где-то ещё - то имею право. День в Мюнхене, неделю в Варшаве - и пусть идут все лесом.

Летаю я много, как и моя жена - нигде на внутренних рейсах (внутри ЕС) не смотрят паспорт дальше первой страницы, а если даем отпечатанный билет (e-ticket) - то и паспорта никто не спрашивает. И это при том что у нас о обоих не немецкие паспорта, а украинские. При вылете за пределы EC - смотрят паспорта детально дважды - на пограничном контроле и на посадке, всё - нигде больше, но и то - никто не смотрит штампы, только наличие ВНЖ (или виз страны назначения).
Кстати, время прилета в штампе не ставится , только день - да его ещё и найти нужно, если паспорт часто используется.
Не буду спорить, может где-то и вызовут полицию по предъявлению паспорта на check-in - но для этого, наверное, нужно рожу бандитскую иметь или кобура должна быть заметна во время регистрации