Что еще можно сделать неправильно в экспорте данных в CSV-формате?

Все.

Я бы переписал реадер и позабыл об проблемах...

Так перепиши и забудь.

Я читаю ексельные файлы в R/Origin (и поточно, и одиночными файлами, и с простой и со сложной структурой), если в файле проблема, затрудняющая его автоматическое прочтение - ставлю на уши того,... предметно беседую с тем, кто ответственен за генерацию этого файла(-ов). Уже пару лет как все проблемы с обменом данными прекратились после поиска взаимоприемлемого решения. ИМХО, нельзя предусмотреть все возможные глюки в файлах данных, если нет достаточной культуры их генерации. Если хоть где-то процесс ввода данных неавтоматизирован или не загнан в шаблоны с валидацией - все, пиши пропало. Фантазия людская границ не знает - иногда при анализе данных приходится сначала устранять ошибки, ну, например, фамилию оператора вводили 13ю (!!) разными способами, а мне как раз надо смотреть, кто из операторов чаще всего косячил за последние месяцы. Объяснил, норот понял, сделали табличку операторов, автоматический выбор по логину и все. А монстрить высокоинтеллектуальный ридер, ИМХО, не стоит затраченных усилий. Проще договориться о темплейтах и валидации, сделать качественную "морду" для ввода данных. Но, конечно, вольному воля. Безумству храбрых поем мы песню... (с)

ЗЫ. Добавлю - можешь глянуть, как имплементировано чтение xls/xlsx в R (исходники функций всегда доступны). Не уверен, что это сделает твою жизнь легче, но с чем черт не шутит, вдруг наткнешься на какие-то идеи. Код там вполне понятный, сильно голову ломать не надо. ИМХО, конечно. Впрочем, это я так, для очистки совести. Понимаю, что желания лезть в малознакомый код особо не возникнет.