Я искал информацию, но не смог найти, чем расчёт Sicherung des Lebensunterhalts по SGB II на АЕ отличается от на NE?

Я не знаю, что конкретно думают Ваш АБХ, но отличие по закону следующее, что гораздо важнее.

Закон требует для ЛЮБОГО ВНЖ, не считая отдельных исключений

§ 5 Allgemeine Erteilungsvoraussetzungen

(1) Die Erteilung eines Aufenthaltstitels setzt in der Regel voraus, dass

1.

der Lebensunterhalt gesichert ist,

Это означает, в частности

Die Fähigkeit zur Bestreitung des Lebensunterhalts darf nicht nur vorübergehend sein. Demnach ist eine Prognoseentscheidung erforderlich, ob der Lebensunterhalt des Ausländers für die Dauer des beabsichtigten Aufenthalts gesichert ist.

Ваших годовых контрактов обычно было достаточно, чтобы сделать достаточный прогноз для AE. Как делать прогноз для NE - на самом деле, четко не определено. В АБХ в том числе принимают в расчет, насколько обычное дело в какой-то отрасли - ограниченные контракты. Если в академии 75% позиций - ограниченные по времени, то им тяжело к этому придираться. Хотя в целом в Германии куча законов, чтобы такое не допускать в остальных отраслях (в науке отдельный закон действует). Если Вы по сути работаете вне системы, то у них нет другого выхода кроме как оценивать Вас как отдельный бизнес, и они должны оценить как-то прибыльность и перспективность Вашего бизнеса. Видимо, у них большие сомнения насчет будущего этого предприятия. И у меня нет никакого ощущения, что они неправы.