Могут ли не ЕС-граждане фактически работать в Германии, но получать з/п вне ЕС?
То, что Вы задумали не только не законно, но и выглядит крайне подозрительно. Почему бы им не выполнять разработку в Беларуси, а в Германию приезжать в частые командировки? Не так подозрительно регулярно приезжать 3 на 3 месяца, а более разнообразно - на месяц, на 2, или на 3, и с конкретным обоснованием каждый раз, зачем им приезжать. Вообще говоря, им же не кирпичи класть, физически работать они где угодно могут, поэтому вряд ли кто их сможет "поймать" на "фактической работе" в Германии, если никто не сдаст, конечно. Поэтому вариантов тут куча, надо просто все грамотно продумать и оформить. Не до конца ясно, зачем Вам такая хитрая схема понадобилась. Если прежде всего для более эффективного контроля работы Ваших коллег, то есть более очевидные способы организации процесса, не нарушающие по крайней мере очевидным образом законы Германии.