Визы
Если Ваше польское разрешение на пребывание разрешает Вам работать в Польше (не ясно, о какой визе идет речь), то, вообще говоря, нет никаких препятствий для командировок в другие страны шенгенской зоны. Правила стандартные как для обычной шенгенской визы - не более 90 дней в каждые полгода. Сомневаюсь, что работодателя это устроит. Хотя им наверняка никакой разницы, если Вы будете нарушать шенгенский кодекс на свой страх и риск, тем более что границ-то никаких нет. Если эти рейсы требуют каким-то образом оформления рабочего контракта в Австрии или Германии, то это совершенно невозможно.
ЗЫ. Нужны ли Вам для таких перевозок какие-то разрешения со стороны Германии и Австрии, я не знаю, это уже специфика транспортных перевозок и в ней надо разбираться отдельно. Не думаю, что здесь на форуме есть специалисты по этому законодательству.