Неправильно Вы понимаете. По закону, если условия, которые были необходимы для выдачи ВНЖ, больше не имеют места быть, то АБХ _может_ сократить срок действия этого ВНЖ, но это не автоматический процесс, надо сначала АБХ сообщить. Ограничения на деятельность обычно включают род деятельности, место работы и должность. Не видел, чтобы кто-то в разрешении указывал еще и зарплату. Так что не вижу, каким образом ТС мог работать нелегально.

Ситуация, мягко говоря, не типичная. Я лично не вижу никаких принципиальных проблем. Всякое бывает, можно, например попасть на больничный на год, когда доход будет меньше того, что по БК необходимо, но как правило надо, чтобы не было прямых нарушений условий пребывания (таких как работа на другого работодателя или на другой должности), и чтобы к моменту продления ВНЖ все было в порядке.

Для подачи на NE считается только то время, когда была полная зарплата. Тут вопросов нет никаких, в законе так написано прямо.