Если эти прикладные программы написаны под windows (native), то, я думаю, очевидно, что под линуксом они не пойдут (эмуляция не в счёт, это лишает смысла сам переход).

Чем? Был хоть один случай когда в Windows были обнаружены и использованы backdoor (не трояны, не вирусы, не обычные уязвимости - а именно намеренно оставленые дыры)? К тому же, Microsoft предоставляет доступ к исходному коду для госконтор (под NDA), если нужно.
И я очень сомневаюсь, что исходный код любой ОС на базе линукс, плюс все используемые компоненты и софт, был тщательно изучен на предмет наличия отсутствия проблем.
Сам по себе открытый код (точнее, его наличие) не гарантирует ни утечек информации, ни отсутствие уязвимостей, ни быстрое их исправление.
Все дистры линукса, кстати, таки бинарные - почти никто, кроме энтузиастов не делает сам компиляцию всего, с нуля (а если и делают, то код не вычитывают) - а вот в бинарниках могут быть "жучки", как и в случае windows.