Сейчас на сайте часть базовой навигации возможна только после загрузки JS скриптов. Что в десктопной, что в мобильной версии.

Это ведет к проблеме долгого ожидания, если у юзера медленный интернет (как у меня сейчас).

Нельзя ли сделать всю базовую навигацию без JS, а потом уже на нее повесить JS вариант?

Например, для *Войти* (в десктопе) и для Меню иконки (в мобильной версии). Для логина сделать отдельную страницу, на которую будет вести ссылка. Если у юзера не подгружаются скрипты, он при нажатии попадает на отдельную страницу с логин формой; если у него все скрипты загрузились, получает popup с логин формой.