class Document
{
   private Document(){}
   public static Instance {get; }
   public void Read(Stream from);
   public void Parse(string str);
}

ну так сделай так:

class Document
{
   private Document(){}
   public static Document Read(Stream from);
   public static Document Parse(string str);
   public static Document Merge(Document doc1, Document doc2);
}

Ты можешь 2 строчки кода, вместо 30 строчек текста привести? :)

    class Application 
    {
       private Application() {throw new NotImplementedException();}
       static Application Instance {get {throw new NotImplementedException();}}
       public Document ActiveDocument { get; private set; }
       public void OpenDocument(Reader from)
       {
           if(ActiveDocument != null)
              ActiveDocument.Close();
           ActiveDocument = new Document(from);
       }
    }

Таким образом, имеем единственный объект документа в приложении(Application).
Теперь рассмотрим класс документа:

class Document
    {
        public Document(Reader from) { throw new NotImplementedException(); }
        //Properties
        //...        
        //Methods
        //...
        public void Save(Writer to) { throw new NotImplementedException(); }
        public void Close() { throw new NotImplementedException(); }        
        public void MergeWith(Document other){ throw new NotImplementedException(); }
    }

  У приложения есть редактор документов - одна штука. (агрегация)
  Редактор документов умеет редактировать один документ. (агрегация) 
  Документ умеет считываться с диска. (операция документа) 
  Документ умеет записываться на диск. (операция документа)

Ты хочешь сделать следующее:

 Приложение должно уметь мёрджить два документа,
 но в приложении есть всего один документ.

Далее: если макака может испортить файл документа операцией Save, то почему она не может испортить этот файл используя System.IO.DeleteFile?

    interface IDocument
    {
      //свойства и методы, которые макаке можно вызывать      
    }
    interface IPersistent
    {
       void Write(Stream s);
       void Read(Stream s);
    }
    class Application 
    {
       private Application() {throw new NotImplementedException();}
       static Application Instance {get {throw new NotImplementedException();}}
       public IDocument ActiveDocument { get { return doc; } }
       public void OpenDocument(Stream from)
       {
           doc = new Document(from);
       }
       private Document doc;
    }
    class Document : IDocument, IPersistent
    {
       //...
    }

interface IDocument 
{
   //200-300 свойств
   //...
}
interface IDocEditor
{
   IDocument Document {get; }
}

какая разница классу, реализующему IDocEditor, сколько полей в IDocument?