Вопрос: предположим, у меня в цхруте физической системы ещё и виртуальная. Она запускается вместе с физической? Можно ливырубить виртуальную систему, не вырубая физическую? Как запускать вручную / перезапускать виртуальную систему?

1. Зависит от того, как сконфигурировано.
2. Да.
3. Зависит от того, как сконфигурировано.
В чруте крутится, обычно, только ограниченый набор приложений. Например вебсервер, почтовый сервер ...