Вообще я думала даже по почте отправить, но оказывается запрещено.

Вот поэтому я думала - может в ручную кладь лучше положить?
Ручную кладь на выходе никогда не проверяли, а багаж просвечивают.

По почте отправлять запрещено из-за правил страны получателя, а не отправителя.
Ну, Вы сами подумайте, что может угрожать стране, из которой вывозят растения - ничего, их же вывозят. А вот при ввозе...
Так, что не бойтесь - бойтесь контроля и проверки в Германии.
При просвечивании растения никак не будут идентифицированны, это же не металл.