Ситуация такая: муж - немец, я - гражданка России с пропиской. Старший сын вписан в мой загран.паспорт, младший еще нет. Летим в конце мая в Питер, вписать в консульстве скорее всего не успею (у мужа не будет времени съездить с нами в Мюнхен).
Можно ли будет вписать второго ребенка в загран.паспорт в России без присутствия отца? Может ему написать заявление, заверить его у нотариуса и с этим заявлением обратиться в ОВИР?

Можно, но всё тоже самое можно сделать и в консульстве.
Только ерчь идет не просто о "вписании", а о "приёме ребенка в российское гражданство".

Т.е. можно в консульстве без присутствия отца вписать ребенка в паспорт????

Ну да.
http://www.ruskonsulatbonn.de/ru/questions/index.php?qid=27&catid=14
И даже без присутствия ребенка.
http://www.ruskonsulatbonn.de/ru/questions/index.php?qid=23&catid=14

Спасибо большое!!!!
Буду пытаться сделать здесь!

и что бы не было разногласий фамилий в документах родителей и фамилий что занисаны в СОРе ребенка

В данной ситуации проблемы с фамилиями родителей в СОР обычно не возникает, поскольку у каждого из них одно гражданство и, соответственно, один документ его подтверждающий.
Бывают, правда, исключительные случаи.