В каких случаях Add-Ons должно бть активировано, а в каких - нет?

Какие именно? Аддоны это примочки к какой-нибудь программе, расширяющие ее функциональность. Ты про какую именно программу спрашиваешь?
Если про ФФ, то пусть всегда активированы будут. Если они не будут активированы, то не сможешь ими пользоваться.

Из-за проблем с этими "адонами" часто выключается Интернет-эксплорер. Вчера я поймал вирусы и вынужден был переинсталировать комп. Первый же выход в интернет заставил Интернет-эксплорер выключиться. Отключил адоны и вроде вс╦ нормально.
Как быть?

Пользуйтесь Мозилой
там нет таких проблем

А насчет Интернет эксплорера то все отключать конечно нельзя, но всегда можно сбросить на стандартные установки
(отключить нестандартные Аддоны)
Extras->Internetoptionen->Erweitert и там Zurücksetzen

Zurücksetzen? Нашёл только Widerherstellen. Это одно и тоже?