Мокрое пятно
Ну вот, откель вода под авто, нашли.
Теперь нужно искать, откуда она в багажник попадает.
А вот тут нужно вдвоём искать, одному лить на крышу, другому с фонариком в багажнике зорко смотреть.
У мну было такое на Гольфе4, через вентиляционные шторки вливалось в багажник, еле-еле увидел т.к один был.
Я не знаю, какая у Вас машина. Обычно так бывает на японцах, когда пятая задняя дверь довольно большая и владелец не следит за состоянием резиновых уплотнителей. Здесь зимы обычно мягкие и многие не ухаживают за резиной на дверях.
Тщательно их помойте. Дайте время высохнуть и затем хоть вазелином из галантерейного, хоть спец.мазью из ATU.
И так каждую осень, как журавли на юг...
https://www.otto.de/updated/ratgeber/fast-wie-neu-gummidic...
Да,что-то похожее я нашла,когда мыла машину сама. там вверху есть такие ползунки-открывают и закрывают,на самой крыше,возможно,Это в них проблема. Теперь фото днища,я вытерла,но оно влажное,пусь просохнет.
Прикреплённые файлы
Неважно что Вы там нашли, какие ползунки 
, но воды в багажнике быть не должно. Дело либо в уплотнительной резинке крышки багажника, либо крышка прилегает неплотно в следствии ремонта той самой крышки багажника (например если авария была или снимали крышку, а назад прикрутили "криво"). Но скорее всего дело в резинке. Осмотрите резинку по кругу, возможно найдете где она порвалась или протерлась. Прям гните её рукой, иначе трещину можно не заметить.
Крышка прилегает плотно. Не видно никаких разрывов,вмятин и т.д. Проверю после мойки-тогда уж видно будет. Но так рассуждая,в случае,что течь с крыши багажника,то и сам багажник должен быть хотя бы кое-где мокрым. Войлочное покрытие,идеально сухое и плотно прилегающее ко всем стенкам.
Прошел легкий дождь ночью,а утром-полно воды.Сделала фото,но не очень видно,что вода,но прямо лужа. Стрелкой указала,что вроде оттуда мокро,иначе нигде и ниоткуда,даже пыль сохранилась.
Прикреплённые файлы
Раз машина стояла, то значит точно не откуда то снизу воду задувает. Либо все же резинку менять надо ибо она может пропускать, даже если на вид - целая и нормальная, либо, как выше уже сказали, через задние фонари подтекает, там тоже уплотнители быть должны. Ну, или как я выше уже писал, нужно отрегулировать крепления крышки багажника. Если до этого её когда то снимали, то могли не совсем "ровно" назад установить.
П.С. Вам еще повезло можно сказать. У меня на днях тоже беда с протечкой случилась, но у меня вода пошла в салон и в систему воздуховодов, печку, салонный фильтр. Забились дренажные отверстия в районе лобового под капотом и за несколько дней дождей, натекло в салон столько воды, что в
подпольных бардачках вода стояла как в колодце и плескалась при езде Сливы прочистил и модернизировал, теперь долго не потечет, но просушить салон пытаюсь уже третий день, благо погода помогает, но все еще сырости дофига. В будущем может конечно очень плохо сказаться, так как в салоне под покрытием проложена проводка, штекеры и контакты, которые со временем начнут окисляться и плохо работать. А просушить салон качественно без полного демонтажа напольного покрытия (а это ой как непросто) - нереально. Так что и плесень может завестись со временем итп.
Конкретное место протечки может быть сложно установить, ибо например если резинка сверху протекает, то вода не будет капать сверху, а стекать по той же резинке вниз и потом только течь в багажник итп. Можете попытаться разобрать и снять обшивку в районе задних фонарей и посмотреть там, не сочится ли вода. Там по периметру фонарей все должно быть сухо.