Скажите, пожалуйста, а всем новые номера дел присваивают или кому-то оставляют старые номера?
И с чем это может быть связано?

Наверное зависит от логики построения которой БФА поддерживается на данный момент .
У меня еще в 92 году менялась последняя цифра , тогда она указывала количество людей в антраге.
Теперь на антраге по включению у меня например ,после я так понимаю номера обрабатывающего отдела и косого штриха ,стоит дата получения антрага ,год, месяц ,число, и четырехзначное число после этого.IIIB5/201309240001 так примерно

Спасибо Вам за ответ.
Действительно, понятия «старый» номер или «новый» номер оказались весьма относительными:
foren.germany.ru/aussiedler/f/24937025.html?Cat=&page=0&view=collapsed&sb...
сообщение № 38 от Madonna_2006