Налоговая ставка устанавливается в размере 30 процентов в отношении всех доходов, получаемых физическими лицами, не являющимися налоговыми резидентами Российской Федерации. (п. 3 ст. 224 НК РФ) В отношении различных видов доходов резидентов РФ установлены различные налоговые ставки, они приведены также в ст. 224 НК РФ.
Т.к. Вы владели квартирой более 3 лет, то Вам налог платить не надо в соответствии со ст. 220 п. 1 НК РФ: "При продаже жилых домов, квартир, комнат, включая приватизированные жилые помещения, дач, садовых домиков и земельных участков и долей в указанном имуществе, находившихся в собственности налогоплательщика три года и более, а также при продаже иного имущества, находившегося в собственности налогоплательщика три года и более, имущественный налоговый вычет предоставляется в сумме, полученной налогоплательщиком при продаже указанного имущества."
Возможно, письмо из налоговой пришло в связи с тем, что такой имущественный налоговый вычет предоставляется на основании письменного заявления налогоплательщика при подаче им налоговой декларации в налоговые органы по окончании налогового периода. Соответственно, если Вы не подавали декларацию, налоговый вычет Вам не оформили.