в вашей ситуации - 5/3 и вы безработная - вы не обязаны подавать декларацию

с чего бы вдруг, если

Sie (oder/und Ihr Ehepartner) haben Arbeitslohn bezogen, und einer von Ihnen hat die Steuerklasse V oder VI.

Скорее всего декларации у них уже запросили, я не представляю себе ситуации, когда человек от нечего делать и без перспективы получения возврата начнет заполнять бумажки, да еще и за последние несколько лет.

Хорошая новость в том, что раз жена не работала - муж имеет полное право списать с налогов Unterhaltskosten на ее содержание в размере 50% немецкого Freibetrag, т.е если разница выплат по 3 и 1 налоговому классу составляла 100€ - грубо половинку этой разницы, т.е в худшем случае чуть больше 1000€ за два года придется налогов доплатить. Расписывайте в декларации по месяцам, сколько жили в Германии, сколько в России, фрайбетраг посчитают пропорционально. Попробуйте вписать аренду гамбургской квартиры на период раздельного проживания семьи и поездки в doppelte Haushaltsführung - может удастся свести все к нулю, или даже выбить возврат. Ну и не нервничайте - это вредно для здоровья, ничего ужасного вам финанцамт не сделает, тем более с вас и взять особо нечего.

Теперь мне надо идти в Аусландсбехёрде и подавать документы на воссоединение семьи... Рассказывать им всё, как есть?

Конечно. Никакого преступления вы не совершили, да и абх будут скорее волновать справки о доходах, страховка и языковой сертификат, нежели срок регистрации, так что вряд ли они даже будут спрашивать.