Работодатель говорит, что каждый сам выберает.

Что выгоднее, опустошить свою Gleitzeitkonto или все таки Kurzarbeit, и оставить свои часы?

ваш работодатель прав абсолютно! каждый сам выбирает. у всех различные обстоятельства, и не всем выгодно то же самое. кто кроме вас лучше знает, что вам выгоднее?