Через год или через два возникнет вопрос о продаже машины, и как я буду объяснять покупателю, что вы тут взяли кусок вырезали,

Зачем это объяснять? Была авария, были такие-то повреждения (можно фотки показать, если попросит), все было сделано по фолькаско, вот рехнунг. Это все что надо будет сказать. Как конкретно там ремонт делался, Вы даже сами знать не обязаны и тем более кому-то объяснять.

Что касается основного вопроса, то тут вариантов не много. Никто же не заставлял Вас силой, заключать страховку с привязкой к мастерской, которую назначит страховая компания? Так что либо соглашаетесь, либо начинаете тяжбу со страховой вплоть до суда, если потребуется. Каков в итоге будет результат и есть ли шансы на успех, сложно сказать. Тут я думаю единственное за что можно зацепиться, это именно то, что машина еще на гарантии и требовать от той сторонней мастерской, письменного подтверждения того, что они официальные партнеры БМВ и гарантия не будет утеряна, ну или обратиться в БМВ с просьбой подтвердить статус той мастерской и то, что гарантия не будет утеряна. Ну и так далее. В любом случае скорее всего понадобится адвокат и вся эта история может затянуться на долгие месяцы, в течении которых машина будет оставаться битой. Готовы к такому?