Кто подскажет для чего эти резиновые прокладки? Может через них вода должна уходить, а сток забит?

Это не прокладки, а заглушки, как раз для для твоего случая, т.е попадает (по определенным причинам) вода, их (заглушки) вынимают, вода уходит через отверстия.

Вода в багажник попадает по следующим причинам-

Люк в потолке (если есть).

Через задние фонари (это не ФАРЫ!!) под прокладки.

Через вентиляционное отверстие (у меня так и было, просто заглушил).

От омывателя заднего стекла (так же было у меня), лопнул/слетел шланг и т.п. .

Через уплотнитель задней двери, но это только сверху происходит.

Как узнать, что/как/зачем/почему, а как уже советовали.

Убираем всЁЁЁЁЁ в багажнике, садится кто нибудь в багажник с фонариком, закрываем багажник, ИИИИИИиииии идем пить кофе минут эдак на 60 , да шучу я шучу.

И начинаем проверяем версию с омывателем, т.е кто то включает омыватель, а сидящий в багажнике смотрит, если заматерился то УРАаааа!! причину нашли!! Ой, опять пошутил.

Если омыватель не виноват, то поливаем водой из ведра/шланга и т.п на заданию часть крыши, и ждем когда же заматерится сидящий в багажнике.

Через Entluftung под заднем бампером вода не попадает в багажник в принципе

Ой батенька, бывает и еще как бывает.