вопрос основной , если она по документам считалась немкой , на каком основании могла быть не под комендатурой ?

Могли просто не поставить на учет, ведь проживала бабушка в тех местах, откуда немцев не выселяли, а, наоборот, переселяли.

Ее с небольшой вероятностью могли поставить на спецучет вот по этому Указу от 1948 года http://www.memorial.krsk.ru/DOKUMENT/USSR/481126.htm, но, похоже, что и эта участь ее миновала, возможно потому, что она уже не проживала в местах спецпоселения немцев, а возможно потому, что она уже была замужем за фронтовиком.

Я видела архивные справки, в которых было написано, что лиц немецкой национальности взяли на спецучет только после этого Указа, т.к. они никуда не выселялись.

У меня у самой есть такая прабабушка-немка по материнской линии, которая переехала в Сибирь задолго до войны, жила как раз там, куда впоследствии выселили моих бабушку и дедушку по отцовской линии и где они были в трудовой армии, но прабабушка не состояла на спецучете и не была в трудовой армии, хотя возраст позволял.

или все же была на учете и позже получила разрешение на выезд ?

Для этого Ваш дед должен был быть, как минимум, маршалом и то не факт, что это помогло бы.

После демобилизации из трудовой армии моя бабушка помогала одной пожилой немке найти дочь, писала письма от ее имени в различные инстанции, т.к. хорошо владела русским языком. Дочь той немки была замужем за высокопоставленным офицером и не подверглась репрессиям, в отличие от матери, а может она не декларировала себя немкой (история об этом умалчивает). Почти год эта женщина жила у моей бабушки пока не нашлась ее дочь. После чего дочь приехала и забрала мать к себе, не без помощи мужа, но все это было в пределах СССР и со спецучета ее, скорее всего, не сняли, только перевели в другую комендатуру. Свою же мать, находящуюся на спецпоселении в соседней области, моя бабушка смогла забрать к себе лишь в 1956 году после амнистии. Вот такая была реальность.

Это вопрос вопросов и это Вам необходимо выяснить.

Если бабушка таки была на учете в спецкомендатуре, то тем удивительнее становится история с выездом в Германию к будущему(!) мужу.

Может это можно как либо скрыть? Или БФА это уже известно из антрага матери в 90-х?

В старом антраге это к сожалению указано , моя мама черезчур честная оказалась , да действительно бабушка проживала в местах поселения еще до войны , но вся остальная родня ее тоже была там , и участь трудфронта их не миновала , посмотрим что дадут запросы , в крайнем случае можно бить на то что в Германии она была менее двух лет , после чего уже дед был " репресирован " по ее немецкому происхождению , и в 24 часа уехал в Туркво , а деревня где она проживала была зоной спецпоселения , потому что там кроме немцев еще и чеченцы проживали ,

да действительно бабушка проживала в местах поселения еще до войны , но вся остальная родня ее тоже была там

Это как раз не проблема. В БФА прекрасно знают, что в 1941 далеко не все советские немцы были депортированы, что сотни тысяч проживали в Средней Азии и Сибири

еще с дореволюционных времен.

Мама нашла личное дело деда , в автобиографии написанной им лично в 1944 году указано- жена НЕМКА , это значит , что ни как не скрывалось , блин ну как же трепетно пожелтевшие листки читать , да и еще в деле есть выписки с печатями в каких подразделениях служил , рядовой пулеметчик , закончил капитаном прод службы .