Если каким то чудом, в Москве или Новосибирске, все таки удаться получить паспорта, то они будут считаться законно полученными в любом случае, даже если это ошибка консульства?
Или потом жить с мыслью, что их могут в один прекрасный момент забрать и депортировать из Германии?

после 12 лет обладания паспортом можно больше уже не бояться, что его заберут. после 5 - что депортируют из Германии.

Веселенькая песпектива: 5 лет передвигаться перебежками, ноосить парики, накладные носы и ни с кем не заговаривать - и не департируют).

А если серьезно, то я думаю что чиновники как правило не знают законов. Если не рассказывать всю свою поднаготную ( у Алексея сестра тогда в бюргербюро рассакзала про ту самую знакомую с паспортом например), не соваться сразу же в организации типа социальамта, то и вопросов ни у кого не будет. Есть паспорт и есть. Я так себе представляю.

в целом Вы представляете правильно. но никогда нельзя быть увереным, что какому-либо чиновнику по какой-либо причине не придет в голову проверить наличие немецкого гражданства.