Я звонила в русское консульство в Мюнхене и два раза мне дали разную информацию. Первый раз сказали что нужна справка из украинского посольтва, второй раз сказали то нет, типа ребенок имеет права права как на русское так и на украинское.

Так и живете, по звонку да по "сказали"? Соблюдение законных интересов вашего ребенка вас не очень волнует?

Украинское гражданство конечно есть, но ведь оно не оформлено, а по сути это просто обдираловка, сначала войти, потом выйти....

Вас разве кто-то заставляет входить/выходить? Не хотите, не входите и не выходите. В чем вы видите проблему?

разве можно иметь три гражданства?

Смотря кому. Для кого-то и сразу два иметь проблема, а для детей родившихся в смешанных браках приобретение трех гражданств одновременно обычное дело.

чтбы получить российское, надо подтверждение что украинского нет

Не надо. Вас обманули. Ваш ребенок, по вашему заявлению и с согласия его отца, может быть принят в гражданство РФ в упрощенном порядке, а это означает, что он может приобрести гражданство РФ без соблюдения условий, предусмотренных частью первой статьи 13 ФЗ "ОГРФ".