Маловат он был на момент отъезда для всей этой канители.

Да, тоже об этом читала. А какой выход, если в Россию ехать надо?

Независимо от наличия/отсутствия регистрации в России, лица, постоянно проживающие за пределами РФ призыву не подлежат. Для избежания всяческих неожидонностей на той стороне, что мешает Вам сделать запрос непосредственно в Минестерство Обороны РФ, а не на форум. И будет юноша ходить в России с копией ответа МО РФ (подлинник дома держать) и переводом карты вида на жительство. Можете ещё, для пущей убедительности копию справки о консульском учёте добавить.

проблем не будет, но возьмите справку с аусбильдунга,или школы,что сын учится в Германии, .так,на всякий случай.