"Sie wissen, daß kein Visum erteilt wurde, wenn nicht nachgewiesen werden konnte, daß man sehr gefährdet sei"
Почему sei а не war или ist?

Нет не Imperativ!

Это пересказ слов автора, прямая речь.

Прямая, речь, всегда правильно передаётся в Konjunktiv I. (Konjunktiv Präteritum)..но есть и исключения: Wenn ein Nebensatz mit "dass" formuliert wird. u s.w...

Eсли подавший на визу, указал, что находится под угрозой, но ему совсем верят! Wenn die Äußerung angezweifelt oder abgelehnt wird, verwändet man oft (Konj. II Prät)

В зависимости от употребляемой формы, выражается степень доверия сказанного (в вашем случае подателя заявления).

Indikativ: "Sie wissen, daß kein Visum erteilt wurde, wenn nicht nachgewiesen werden konnte, daß man sehr gefährdet ist"

Konjunktiv I: "Sie wissen, daß kein Visum erteilt wurde, wenn nicht nachgewiesen werden konnte, daß man sehr gefährdet sei"

Konjunktiv II: "Sie wissen, daß kein Visum erteilt wurde, wenn nicht nachgewiesen werden konnte, daß man sehr gefährdet wäre"

По порядку, верхнее, это когда сказанному доверяют, дальше вниз, если берут сомнения.

Хотя индикатив больше как разговорный употребляется.

Direkte Rede: Er sagt: „Ich bin faul.“

Indirekte Rede mit Nebensatz: Er sagt, dass er faul sei. Er sagt, dass er faul ist.

Indirekte Rede mit Konjunktiv: Er sagt, er sei müde.

Но ни в коем случае! Er sagt, er ist müde.

Надеюсь учителя немецкого дополнят.